Paris, France | AFP | lundi 29/03/2021 - L'OMS juge "probable" qu'un animal ait servi d'intermédiaire pour la transmission du Sars-Cov-2, confirmant que de nombreux animaux constituent un réservoir pour des virus infectant l'homme. Quelles espèces transmettent ces virus? D'où pourraient venir les prochaines pandémies?
La majorité des maladies humaines
D'après l'Organisation mondiale de la santé animale, 60% des maladies infectieuses humaines sont zoonotiques, c'est-à-dire qu'elles trouvent leur origine chez un autre animal.
Ce pourcentage monte même à 75% pour les maladies infectieuses émergentes, selon une étude britannique publiée en 2001, qui fait référence.
Parmi les agents pathogènes responsables de ces maladies, un sur six serait un virus, un tiers une bactérie, un autre tiers les vers parasites, et pour environ 10% les champignons microscopiques, indique cette étude.
La chauve-souris: suspect idéal?
Les chauve-souris jouent le rôle de réservoir pour un grand nombre de virus qui touchent les humains, elles les hébergent sans être elles-mêmes malades.
Certains sont connus de longue date, comme le virus de la rage, mais beaucoup ont émergé ces dernières années: Ebola, le coronavirus du Sras, le Sars-CoV-2 ou encore le virus Nipah, apparu en Asie en 1998.
Les chauve-souris "ont toujours été de bons réservoirs pour plusieurs virus, mais avant, on avait très peu de contacts" avec ces espèces, explique à l'AFP Eric Fèvre, professeur de maladies infectieuses vétérinaires à l'Université de Liverpool (Royaume-Uni) et à l'International Livestock Research Institute (Kenya).
La régression des forêts tropicales, la progression des villes et des surfaces cultivées, combinées aux effets du changement climatique, rapprochent ces animaux des zones habitées et les poussent à "interagir de plus en plus avec les populations humaines", observe-t-il.
Le furet, le vison et la belette
Une autre famille de mammifères, les mustélidés (blaireaux, furets, visons, belettes...), est souvent mise en cause dans les zoonoses virales, et en particulier celles provoquées par des coronavirus.
La civette a ainsi été désignée comme l'hôte intermédiaire pour le syndrome respiratoire aigu sévère (Sras), qui a fait 774 morts dans le monde en 2002-2003. Si le coronavirus du Sras a bien été trouvé sur certaines civettes, il n'est toutefois pas établi que ce petit carnivore proche de la mangouste est celui qui a transmis le virus aux humains.
La contamination d'élevages de visons par le Sars-CoV-2 a montré que cette espèce pouvait être infectée par des humains porteurs. Mais l'inverse n'a pas été démontré.
Le pangolin: innocenté?
Au début de l'épidémie de Covid-19, cet animal menacé d'extinction est désigné par des chercheurs chinois comme "possible hôte intermédiaire" au vu de la proximité des séquences génétiques du Sars-CoV-2 et d'un coronavirus infectant le pangolin. Mais si ce mammifère à écailles est l'hôte naturel de nombreux virus, son rôle dans la transmission du Sars-CoV-2 n'est pas certain.
Rendue publique lundi, l'étude conjointe des experts de l'OMS et chinois n'a pas permis de lever l'inconnue.
"Parmi les virus venant de ces deux mammifères (chauve-souris et pangolin, ndlr) identifiés jusqu'à présent, aucun n'est suffisamment similaire au SARS-CoV-2 pour être considéré comme son ancêtre direct", écrivent les experts.
Il est même possible qu'on n'ait jamais la réponse. "Pour vraiment faire la généalogie (du Sars-CoV-2), il faudrait voir l'ancêtre commun, ce qu'on n'aura jamais", estime le Pr Fèvre.
"Après un an, on est toujours avec les mêmes questionnements", déplore Serge Morand, écologue de la santé au CNRS, soulignant qu'une proximité génétique ne suffirait de toute façon pas à la démonstration. "Il faut aussi des hypothèses écologiques, qu'on nous explique comment un pangolin a pu rencontrer une chauve-souris: pas sur un marché", dit-il.
Les autres mammifères
"D'un point de vue historique, notre fardeau viral est essentiellement issu des animaux d'élevage", souligne Serge Morand.
Le virus de la rougeole, aujourd'hui totalement humain, est ainsi issu de l'adaptation au Moyen-Âge d'un virus qui touchait les bovins.
Le cochon joue aussi souvent le rôle d'hôte intermédiaire, pour les virus grippaux ou pour le Nipah notamment.
Cet animal, sensible aux virus humains, est également propice aux recombinaisons. C'est ce qu'il s'est probablement passé lors de la pandémie de H1N1 en 2009-2010, initialement qualifiée de "grippe porcine", avec un bilan estimé entre 152.000 et 575.000 morts: la souche du virus aurait émergé d'un porc porteur à la fois d'un virus de la grippe du poulet et d'un virus de la grippe humaine.
Le virus de la rage transmis par les chiens et les renards infectés, différent de celui des chauve-souris, est quant à lui responsable de la grande majorité des 59.000 décès annuels dans le monde provoqués par cette maladie.
Chez les mammifères sauvages, les grands singes ont servi d'hôte intermédiaire pour le VIH (à partir de virus de l'immunodéficience simienne, ou VIS) et pour Ebola, tandis que le dromadaire semble "un hôte réservoir majeur du MERS-CoV et une source animale de l'infection chez l'homme", même si "le rôle précis que jouent ces animaux dans la transmission du virus et le mode exact de transmission ne sont pas connus", pointe l'OMS.
Les rongeurs sont également connus pour être les réservoirs de nombreux virus, dont certains responsables d'épidémies chez les humains, telle la fièvre hémorragique de Lassa, endémique dans plusieurs pays d'Afrique de l'Ouest.
Oiseaux sauvages et domestiques
Grippe espagnole de 1918-1919, grippe "asiatique" en 1957, grippe "de Hong Kong" onze ans plus tard, grippe H1N1 en 2009: tous les virus responsables des grandes pandémies grippales avaient une origine aviaire, directe ou indirecte.
Deux autres souches de grippe aviaire, H5N1 entre 2003 et 2011, puis H7N9 depuis 2013 ont elles donné lieu en Asie à des contaminations par contact direct avec les volailles infectées, et à de très rares cas de transmission interhumaine.
Les volatiles sauvages peuvent constituer le point de départ de ces épidémies, et les oiseaux d'élevage jouent le plus souvent le rôle de "populations amplificatrices", observe Eric Fèvre, car la densité des cheptels, constitués d'oiseaux "génétiquement très similaires", les rend très "réceptifs" aux virus.
Des mutations peuvent ensuite favoriser leur passage à l'humain, comme pour le virus H5N8, présent dans de nombreux élevages européens depuis quelques mois, et qui a été détecté en février en Russie sur sept salariés d'une usine de volailles.
A ce stade, le virus n'est toutefois pas bien adapté à son nouvel hôte, et il faut un contact rapproché avec l'oiseau ou ses fientes pour que la contamination se produise. Mais d'autres mutations pourraient rendre possible une contamination inter-humaine.
Les opérations d'abattage visent alors à empêcher le virus de gagner du terrain chez les animaux, et à éradiquer un réservoir d'où pourrait surgir une nouvelle pandémie.
Moustiques et tiques
Le terme de "zoonose" au sens strict concerne les animaux vertébrés, mais les insectes comme les moustiques et les arthropodes tels que les tiques sont vecteurs de nombreuses maladies virales qui affectent les humains.
La tique transmet notamment la fièvre hémorragique de Crimée-Congo, tandis que les moustiques transportent les virus responsables de la fièvre jaune, du chikungunya, de la dengue, du zika ou encore le virus du Nil occidental et la fièvre de la vallée du Rift.
La prochaine pandémie
En octobre 2020, le groupe d'experts de l'ONU sur la biodiversité (IPBES) avertissait que les pandémies allaient "émerger plus souvent, se répandre plus rapidement, tuer plus de gens".
D'abord, parce que le réservoir est immense: selon des estimations publiées dans la revue Science en 2018, il existerait 1,7 million de virus inconnus chez les mammifères et les oiseaux, et 540.000 à 850.000 d'entre eux "auraient la capacité d'infecter les humains".
Mais surtout, l'expansion des activités humaines et les interactions accrues avec la faune sauvage augmentent le risque que des virus capables d'infecter l'être humain "trouvent" leur hôte.
"On ne sait pas quand, comment et où" surgira la prochaine pandémie, résume Serge Morand. Selon lui, dans ce contexte, l'urgence est avant tout à "repenser notre lien aux animaux sauvages et domestiques".
La majorité des maladies humaines
D'après l'Organisation mondiale de la santé animale, 60% des maladies infectieuses humaines sont zoonotiques, c'est-à-dire qu'elles trouvent leur origine chez un autre animal.
Ce pourcentage monte même à 75% pour les maladies infectieuses émergentes, selon une étude britannique publiée en 2001, qui fait référence.
Parmi les agents pathogènes responsables de ces maladies, un sur six serait un virus, un tiers une bactérie, un autre tiers les vers parasites, et pour environ 10% les champignons microscopiques, indique cette étude.
La chauve-souris: suspect idéal?
Les chauve-souris jouent le rôle de réservoir pour un grand nombre de virus qui touchent les humains, elles les hébergent sans être elles-mêmes malades.
Certains sont connus de longue date, comme le virus de la rage, mais beaucoup ont émergé ces dernières années: Ebola, le coronavirus du Sras, le Sars-CoV-2 ou encore le virus Nipah, apparu en Asie en 1998.
Les chauve-souris "ont toujours été de bons réservoirs pour plusieurs virus, mais avant, on avait très peu de contacts" avec ces espèces, explique à l'AFP Eric Fèvre, professeur de maladies infectieuses vétérinaires à l'Université de Liverpool (Royaume-Uni) et à l'International Livestock Research Institute (Kenya).
La régression des forêts tropicales, la progression des villes et des surfaces cultivées, combinées aux effets du changement climatique, rapprochent ces animaux des zones habitées et les poussent à "interagir de plus en plus avec les populations humaines", observe-t-il.
Le furet, le vison et la belette
Une autre famille de mammifères, les mustélidés (blaireaux, furets, visons, belettes...), est souvent mise en cause dans les zoonoses virales, et en particulier celles provoquées par des coronavirus.
La civette a ainsi été désignée comme l'hôte intermédiaire pour le syndrome respiratoire aigu sévère (Sras), qui a fait 774 morts dans le monde en 2002-2003. Si le coronavirus du Sras a bien été trouvé sur certaines civettes, il n'est toutefois pas établi que ce petit carnivore proche de la mangouste est celui qui a transmis le virus aux humains.
La contamination d'élevages de visons par le Sars-CoV-2 a montré que cette espèce pouvait être infectée par des humains porteurs. Mais l'inverse n'a pas été démontré.
Le pangolin: innocenté?
Au début de l'épidémie de Covid-19, cet animal menacé d'extinction est désigné par des chercheurs chinois comme "possible hôte intermédiaire" au vu de la proximité des séquences génétiques du Sars-CoV-2 et d'un coronavirus infectant le pangolin. Mais si ce mammifère à écailles est l'hôte naturel de nombreux virus, son rôle dans la transmission du Sars-CoV-2 n'est pas certain.
Rendue publique lundi, l'étude conjointe des experts de l'OMS et chinois n'a pas permis de lever l'inconnue.
"Parmi les virus venant de ces deux mammifères (chauve-souris et pangolin, ndlr) identifiés jusqu'à présent, aucun n'est suffisamment similaire au SARS-CoV-2 pour être considéré comme son ancêtre direct", écrivent les experts.
Il est même possible qu'on n'ait jamais la réponse. "Pour vraiment faire la généalogie (du Sars-CoV-2), il faudrait voir l'ancêtre commun, ce qu'on n'aura jamais", estime le Pr Fèvre.
"Après un an, on est toujours avec les mêmes questionnements", déplore Serge Morand, écologue de la santé au CNRS, soulignant qu'une proximité génétique ne suffirait de toute façon pas à la démonstration. "Il faut aussi des hypothèses écologiques, qu'on nous explique comment un pangolin a pu rencontrer une chauve-souris: pas sur un marché", dit-il.
Les autres mammifères
"D'un point de vue historique, notre fardeau viral est essentiellement issu des animaux d'élevage", souligne Serge Morand.
Le virus de la rougeole, aujourd'hui totalement humain, est ainsi issu de l'adaptation au Moyen-Âge d'un virus qui touchait les bovins.
Le cochon joue aussi souvent le rôle d'hôte intermédiaire, pour les virus grippaux ou pour le Nipah notamment.
Cet animal, sensible aux virus humains, est également propice aux recombinaisons. C'est ce qu'il s'est probablement passé lors de la pandémie de H1N1 en 2009-2010, initialement qualifiée de "grippe porcine", avec un bilan estimé entre 152.000 et 575.000 morts: la souche du virus aurait émergé d'un porc porteur à la fois d'un virus de la grippe du poulet et d'un virus de la grippe humaine.
Le virus de la rage transmis par les chiens et les renards infectés, différent de celui des chauve-souris, est quant à lui responsable de la grande majorité des 59.000 décès annuels dans le monde provoqués par cette maladie.
Chez les mammifères sauvages, les grands singes ont servi d'hôte intermédiaire pour le VIH (à partir de virus de l'immunodéficience simienne, ou VIS) et pour Ebola, tandis que le dromadaire semble "un hôte réservoir majeur du MERS-CoV et une source animale de l'infection chez l'homme", même si "le rôle précis que jouent ces animaux dans la transmission du virus et le mode exact de transmission ne sont pas connus", pointe l'OMS.
Les rongeurs sont également connus pour être les réservoirs de nombreux virus, dont certains responsables d'épidémies chez les humains, telle la fièvre hémorragique de Lassa, endémique dans plusieurs pays d'Afrique de l'Ouest.
Oiseaux sauvages et domestiques
Grippe espagnole de 1918-1919, grippe "asiatique" en 1957, grippe "de Hong Kong" onze ans plus tard, grippe H1N1 en 2009: tous les virus responsables des grandes pandémies grippales avaient une origine aviaire, directe ou indirecte.
Deux autres souches de grippe aviaire, H5N1 entre 2003 et 2011, puis H7N9 depuis 2013 ont elles donné lieu en Asie à des contaminations par contact direct avec les volailles infectées, et à de très rares cas de transmission interhumaine.
Les volatiles sauvages peuvent constituer le point de départ de ces épidémies, et les oiseaux d'élevage jouent le plus souvent le rôle de "populations amplificatrices", observe Eric Fèvre, car la densité des cheptels, constitués d'oiseaux "génétiquement très similaires", les rend très "réceptifs" aux virus.
Des mutations peuvent ensuite favoriser leur passage à l'humain, comme pour le virus H5N8, présent dans de nombreux élevages européens depuis quelques mois, et qui a été détecté en février en Russie sur sept salariés d'une usine de volailles.
A ce stade, le virus n'est toutefois pas bien adapté à son nouvel hôte, et il faut un contact rapproché avec l'oiseau ou ses fientes pour que la contamination se produise. Mais d'autres mutations pourraient rendre possible une contamination inter-humaine.
Les opérations d'abattage visent alors à empêcher le virus de gagner du terrain chez les animaux, et à éradiquer un réservoir d'où pourrait surgir une nouvelle pandémie.
Moustiques et tiques
Le terme de "zoonose" au sens strict concerne les animaux vertébrés, mais les insectes comme les moustiques et les arthropodes tels que les tiques sont vecteurs de nombreuses maladies virales qui affectent les humains.
La tique transmet notamment la fièvre hémorragique de Crimée-Congo, tandis que les moustiques transportent les virus responsables de la fièvre jaune, du chikungunya, de la dengue, du zika ou encore le virus du Nil occidental et la fièvre de la vallée du Rift.
La prochaine pandémie
En octobre 2020, le groupe d'experts de l'ONU sur la biodiversité (IPBES) avertissait que les pandémies allaient "émerger plus souvent, se répandre plus rapidement, tuer plus de gens".
D'abord, parce que le réservoir est immense: selon des estimations publiées dans la revue Science en 2018, il existerait 1,7 million de virus inconnus chez les mammifères et les oiseaux, et 540.000 à 850.000 d'entre eux "auraient la capacité d'infecter les humains".
Mais surtout, l'expansion des activités humaines et les interactions accrues avec la faune sauvage augmentent le risque que des virus capables d'infecter l'être humain "trouvent" leur hôte.
"On ne sait pas quand, comment et où" surgira la prochaine pandémie, résume Serge Morand. Selon lui, dans ce contexte, l'urgence est avant tout à "repenser notre lien aux animaux sauvages et domestiques".